该研究揭示了CD8+T细胞亚群中存在不同的H3K18la和H3K9la模式,与其特定的代谢特征相关。
1. T细胞活化驱动组蛋白乳酸化
为研究H3K18la及H3K9la与CD8+T细胞的相关性,作者首先评估了初始CD8+T细胞和效应CD8+T细胞的组蛋白乳酰化模式,流式分析结果显示,相比初始CD8+T细胞,活化CD8+T细胞中H3K18la及H3K9la水平显著升高(图1a-b)。利用pmel-1抗原特异性反应模型,作者发现刺激抗原特异性CD8+T细胞中H3K18la及H3K9la水平升高,在OT-1小鼠模型中,CD8+T细胞中H3K18la及H3K9la水平也显著升高,且肿瘤生长受到抑制(图1c-d)。CD8+T细胞过度激活是急性移植物抗宿主病(GvHD)的驱动因素,因此作者评估了GvHD小鼠中激活的CD8+T细胞中H3K18la和H3K9la变化,研究表明GvHD小鼠的CD8+T细胞中H3K18la和H3K9la高于对照小鼠(图1e-g)。总之,这些发现证明了疾病背景下CD8+T细胞激活导致乳酸产生,增加了CD8+T细胞中的H3K18la和H3K9la水平。
Fig.1 T cell activation drives histone lactylation.
2、H3K18la和H3K9la调节CD8+T细胞的转录起始
为了了解H3K18la和H3K9la在CD8+T细胞转录调控中的作用,作者使用ChIP-seq测定了未激活和激活的CD8+T细胞,ChromHMM分析表明H3K18la和H3K9la富集于转录起始位点(TSS)和CpG岛近端的染色质区域,表明它们参与转录起始(图2a-d)。接下来,作者比较了RNA聚合酶II(RNApol II)在hPTMs区域的占用情况,结果显示在活化CD8+T细胞中,H3K18la和H3K9la标记的启动子和增强子区域显示出更高的RNApol II占有率 (图2f-h),这表明H3K9la、H3K18la与H3K27ac在驱动基因转录方面具有协同作用。此外,作者H3K18la标记T细胞活化的关键基因,H3K9la富集于幼稚及记忆T细胞相关基因,进一步研究转录因子(TF)与H3K18la及H3K9la标记启动子区域的相互作用,分析表明H3K18la和H3K9la标记的启动子区域高度富集于ETS TF和锌指TF结合基序(图2i-j)。
Fig. 2 H3K18la and H3K9la initiate transcription in CD8+T cells.
3. CD8+T细胞亚群中H3K18la和H3K9la的富集差异
接下来,作者研究了H3K18la和H3K9la在不同基因中的富集差异,在初始CD8+T细胞中H3K9la主要富集于编码T细胞静息状态的基因,而在活化CD8+T细胞中,H3K18la主要富集于编码效应因子的基因(图3a-c)。通过对差异基因进行基因集富集分析(GSEA),H3K9la在编码氧化磷酸化(OXPHOS)及线粒体呼吸相关的代谢酶基因中富集,H3K18la则富集于糖酵解代谢途径相关酶的基因中(图3d-g)。上述研究表明H3K18la和H3K9la在调节T细胞线粒体动力学和能量代谢中的关键作用。
Fig. 3 Distinct H3K9la and H3K18la enrichment in CD8+T cell subsets.
4. 组蛋白乳酰化与细胞代谢相关
为了确定H3K18la和H3K9la在活化的CD8+T细胞中的不同作用,作者用乳酸脱氢酶A(LDHA)抑制剂、2-脱氧葡萄糖(2-DG)及POMHEX(ENO2抑制剂)减弱活化CD8+T细胞内的糖酵解和胞内乳酸水平,同时降低了H3K18la和H3K9la水平,线粒体形态从裂变向融合转变(图4a-e)。记忆性CD8+T细胞主要通过OXPHOS及脂肪酸氧化(FAO)途径代谢,接下来,作者研究了记忆性CD8+T细胞中H3K18la和H3K9la的差异,使用鱼藤酮(线粒体电子传递链抑制剂)、BMS(ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)抑制剂)减弱线粒体乳酸生成以及依托莫西抑制FAO,记忆性CD8+T细胞中H3K9la水平下降(图i-l)。上述结果表明线粒体代谢能够调节记忆性CD8+T细胞中的H3K9la。
Fig. 4 Histone lactylation is linked to cellular metabolism
5. H3K18la和H3K9la与抗肿瘤免疫相关最后,作者描述了组蛋白乳酰化与CD8+T细胞功能之间的联系。首先靶向代谢酶,作者使用LDHA抑制剂处理活化的CD8+T细胞后,H3K18la在激活相关基因(例GZMB、PDCD1、IFNGR1等)启动子的富集减少,并降低了激活基因的表达(图5a-b)。此外,作者还使用A485及MS275抑制了组蛋白乳酰化的写入蛋白(CBP/EP300)和擦除蛋白(HDAC1-3),流式结果显示,MS275处理后增加了H3K18la和H3K9la水平,也增加了关键效应基因表达,A485处理则减少了H3K18la和H3K9la水平及效应基因表达(图c-f)。MB49荷瘤鼠的体内数据同样证实了上述发现,这些发现提示组蛋白乳酸化在调节CD8+T细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用。
Fig. 5 H3K18la and H3K9la levels are linked to antitumor immunity.
文章来源:Raychaudhuri D, Singh P, Chakraborty B, Hennessey M, Tannir AJ, Byregowda S, Natarajan SM, Trujillo-Ocampo A, Im JS, Goswami S. Histone lactylation drives CD8+ T cell metabolism and function. Nat Immunol. 2024 Nov;25(11):2140-2151. doi:10.1038/s41590-024-01985-9. Epub 2024 Oct 7. PMID: 39375549.
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